Редактируем файл сервиса /usr/lib/systemd/system/mysqld.service

Добавляем в секцию
[Service]
Следующие параметры
LimitNOFILE=infinity
LimitMEMLOCK=infinity

Перезагружаем демоны systemctl daemon-reload
Перезапускаем сервис systemctl restart mysql.service.

Теперь параметр open_files_limit равен 65536 теперь можно жить какое то время.

ps если у вас mariadb — то файл сервиса будет /usr/lib/systemd/system/mariadb.service